大赦天下，前监禁谏官御史杨继盛、罗文炳已死，现特旨开复他们的原官，追荫其子爵禄，仍系于狱的吏部主事海瑞这时也释放出来，擢为吏部侍郎。
海瑞见新君登极，大有万象更新之派势，于是他就打算竭力整顿一番昔日的弊政，所以递疏上去首先弹劾的就是上柱国右丞相徐阶，说他擅专朝政、扼止言路。于是因为触怒了徐阶，海瑞被调任外省。
不过没几天海瑞就又升为都御史，巡抚江南。海瑞便衣赴任，一路上明察暗访，把那些贪官污吏的姓名一一记下来，一到任上，就把这些官老爷们劾的劾、革的革，差不多去了一大半。于是江南的属吏一听海瑞的名儿，无不望风生畏，相戒不敢为非。
海瑞既廉明又善断狱，江南的百姓都呼他作为海青天。海瑞做了五六年的外任官，到卸任时依旧是一肩行李、两袖清风，临行时百姓们感激零涕攀辕挽留。海瑞上命难违，安慰了众百姓一番，匆匆进京。
穆宗也知道海瑞正直廉明，就授为礼部尚书。一时间，朝中群臣都有惧怕他三分，连太傅高拱也畏海瑞刚直，做事不敢过于放肆；再加上穆宗的英明更过于世宗，廷臣于是相互戒告，战战兢兢地不敢蒙蔽。
这时余姚王守仁已逝，穆宗追念他的功绩，封新封侯，谥号文成；又下旨严惩方士，取消斋醮，将陶世恩、陶仿、申世文、高守中等一班羽士全都斩首。